Конференция Межрегиональной организации является ее высшим руководящим органом, созывается не реже одного раза в четыре года.

Правление является постоянно действующим выборным коллегиальным руководящим органом Межрегиональной организации подотчетным Конференции и действующим в периоды между Конференциями, избирается сроком на четыре года. Работой Правления руководит Председатель Правления, избранный Конференцией.

Президент Межрегиональной организации является ее высшим единоличным исполнительным органом, избираемым Конференцией сроком на четыре года. Президент решает все вопросы текущей деятельности Межрегиональной организации.

Ревизор – контрольно-ревизионный орган.

Наблюдательный совет. В состав Наблюдательного совета входят представители организаций, оказывающих особое содействие и поддержку Межрегиональной организации в осуществлении ее программной деятельности, общественные и государственные деятели, обладающие авторитетом и признанием в сфере укрепления межкультурного мира, стабильности и содействующие Волжско-Каспийской интеграции. Наблюдательный совет формируется Правлением сроком на четыре года.

Персональный состав органов управления на этапе создания:

Тагиров Энгель Ризакович, 
ПРЕДСЕДАТЕЛЬ ПРАВЛЕНИЯ
Президент Международной гуманитарной академии «Европа- Азия», ректор Института культуры мира (ЮНЕСКО), доктор исторических наук, академик (гражданин Российской Федерации)
Валеев Рафаэль Миргасимович,
ЧЛЕН ПРАВЛЕНИЯ
Вице-президент Российского комитета Международного совета по охране памятников и исторических мест (ИКОМОС), доктор исторических наук, профессор (гражданин Российской Федерации)
Алибеман Эгбали Зарч,
ЧЛЕН ПРАВЛЕНИЯ
и.о. руководителя Генерального Консульства Исламской Республики Иран в Казани (гражданин Исламской Республики Иран)
Мамедов Фуад Теюб оглы,
ЧЛЕН ПРАВЛЕНИЯ
Президент Ассоциации культуры Азербайджана «Симург», профессор (гражданин Республики Азербайджан)
Андреев Максим Валентинович,
ПРЕЗИДЕНТ
руководитель международной инициативы «VISIT KAZAN», член Российской ассоциации международного права, доктор юридических наук, профессор КЮИ МВД России (гражданин Российской Федерации)
Бикмуллин Альберт Лутфуллович,
РЕВИЗОР
Президент Академии информатизации Республики Татарстан, заслуженный экономист Российской Федерации, доктор экономических наук, академик (гражданин Российской Федерации)
Волов Вячеслав Теодорович,
РУКОВОДИТЕЛЬ ПРЕДСТАВИТЕЛЬСТВА В САМАРСКОЙ ОБЛАСТИ
ректор Самарского филиала Современной гуманитарной академии, член-корр. РАО, единственный в мире пятикратный доктор точных и гуманитарных наук (гражданин Российской Федерации)